本系依循系所宗旨以及本校教育目標，參照國內外相關系所之教育學術與實務發展趨勢，配合本所師資和學生條件等，規劃前瞻性之教學與研究目標。總體教育目標分別敘述如下：

• 培育具備優良品格、社會關懷、與國際視野之人才
• 培育具備分析、創新及解決生物環境系統工程相關問題能力之科技人才
• 培育具備增加資源使用效益與改善生活環境，並促進自然資源永續利用能力之人才
• 培育具備繼續研發生物環境工程、水土資源與生態工程、及環境系統分析與資訊管理科技等能力之人才，以促進生產、生活及生態三生均衡之發展目標

核心能力以培養優秀生物環境工程及水土資源高級專業人才，培育建構永續環境的工程師。期望畢業學生能運用工程技術及科學方法，有效管理及應用環境資源，提升人類生活環境品質，促進資源永續利用。本系教育目標主要特色在於培育學生具備系統思維與現代化資訊分析技術，工程專業上能兼顧生態保育與工程技術，並培養具備參與跨領域合作計畫推動之能力。除了都市建設與防災工程訓練外，在非都市區域兼顧生態環境保育與社會經濟發展之工程與管理技能培育，亦為本系重要特色。

配合本系教育目標與特色，發展培育具備系統思維與資訊分析技術，兼顧生態保育與工程專業技術能力的學生，解決城鄉建設、防災工程與非都市區域兼顧生態環境保育與社會經濟發展之工程與管理問題。