本系前身為日據時代臺北帝國大學「農業工學教室」,為臺灣大學創校系所之一。民國 34年臺灣光復時改為「農業工學系」,隸屬農學院,民國38年中央政府遷臺以後,正名為國立臺灣大學「農業工程學系」。本系一向以農業水利及生物環境為教學研究之目標,為因應時代潮流為變遷,自民國90年8月(90學年度)起,更名為「生物環境系統工程學系」。
回顧過去50年,臺灣由農業社會積極轉型發展工業,但超限開發卻造成生態環境日益惡化, 導致人類面臨比以往更嚴峻的水土災害威脅。本系乃應用高科技工程技術以改善或保護生產、生活及生態環境之專門學科,因此,過去教學研究涵蓋「生物環境工程」、「生態工程與水土資源」及「 生物環境系統與資訊」等三大領域。之後為符合教學研究發展需求, 將領域進行重整成為兩大面向: 「生態環境規劃」與「水土資源工程」。本系現有學生約三百餘人,專任師資24位,教學研究設備相當完備,課程設計輔以測量、環境化學、土壤沖蝕力學與流體力學等試驗課程。畢業學生頒授予工學學士、工學碩士或工學博士等學位。
本系長期以來在國內經濟建設上扮演相當重要的角色,近年來平均每年執行約六十項研究計畫,經費主要來自政府部門,其中以科技部與農委會為主要之資助機構,其他資助單位則有經濟部水利署、行政院環保署、各農田水利會及相關單位等。另外,本系與農業工程研究中心及臺大水工試驗所亦有長期密切之合作。